工程纠纷是指建设工程当事人对建设过程中的权利义务产生了不同理解，从而产生了争议。处理工程纠纷的方式有：有约定的按约定；没有约定的，协议优先；协商不成的可以申请基层组织进行调解；调解不成的可以向法院起诉；当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。